Благодаря Реформации евангелическая вера распространилась также и в Ливонии и оставалась даже при католических или православных правителях самым важным вероисповеданием. Католики, православные и иудеи были в меньшинстве. В отличие от них Литва и приграничная «Польская Лифляндия» оставались католическими.
Через ганзейские города новые идеи быстро достигали Ливонии; начиная с 1523 г. Лютер тоже неоднократно писал местным христианам. В период между 1530 и 1560 гг. в стране победила Реформация. В отличие от Пруссии магистр ордена оставался в католической вере, но, тем не менее, предоставлял лютеранам свободу вероисповедания. Вместе с господством Польши после 1561 г. наступила малоуспешная контрреформация, прежде чем Ливония в 1621 г. снова стала евангелической под правлением Швеции.
Как следствие Реформации балтийские немецкие пасторы использовали языки местных народов и посредством переводов создали основу для эстонского и латвийского литературного языка. Кроме того, они выступали за создание народных школ. Высокий уровень грамотности населения среди эстонцев и латышей отличал их долгое время от своих восточных соседей.