Die Unterwerfung der Prußen dauerte von 1231 bis 1283 und wurde von mehreren schweren Aufständen begleitet. Die Feldzüge gingen mit dem Bau neuer Burgen einher. Ab 1309 residierte der Hochmeister in der Marienburg, der größten, nie eroberten Backsteinfestung Europas.
In Livland endete der Vorstoß nach Osten 1242 durch die Niederlage gegen ein russisches Heer unter Alexander Newski. Nach dem Sieg über die Prußen kämpften die Ritterbrüder gegen die zunächst noch heidnischen Litauer.
Der Deutsche Orden ist vor allem durch seine Ritter und mächtigen Burgen ein Begriff. Im Selbstverständnis des Ordens dominierte der „Heidenkampf“ im Spannungsfeld seiner geistlichen und landesherrlichen Pflichten.
Die später meist adligen Ritterbrüder mussten bei Ordenseintritt Pferd und Ausrüstung selbst mitbringen. Sie kämpften schwer gepanzert und galten mit ihren kräftigen Schlachtrössern als unbesiegbar, auch wenn in Wäldern und Sümpfen die leichtere Ausrüstung ihrer Gegner oft vorteilhafter war.
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Die Eroberungszüge des Deutschen Ordens in Preußen, sein Burgenbau und seine Stadtgründungen
Das Vorrücken des Ordens folgte zunächst dem Lauf der Weichsel und dann der Ostseeküste. Niederlagen des Ordens in Livland zogen Aufstände auch der Prußen (1242-1249 und 1260-1274) nach, die mit Zerstörungen von Burgen und Verlust weiter Teile bereits eroberten Landes einhergingen und die Ordensherrschaft wiederholt gefährdeten. Dank stetiger Verstärkung aus dem Westen blieb er jedoch erfolgreich. Der Eroberung folgten Siedler vor allem aus Brandenburg, Pommern und Schlesien, die neben bestehenden prußischen Siedlungen neue Dörfer und Städte gründeten.