Религиозные убеждения зачастую существенно определяли политику страны. Обращение «языческих» пруссов в христианство предоставил Тевтонскому ордену повод для войны и захвата. Будучи первой в истории евангелической страной, герцогство Пруссия привлекало протестантов из многих стран. Впоследствии проводилась политика толерантности, чтобы привлечь по возможности больше переселенцев.
«Восточная Пруссия» никогда не была религиозно единой страной. Даже после принудительного крещения пруссов сохранялись некоторые из их традиций. Область Вармии, принадлежащая Польше, после введения реформации в герцогстве Пруссия оставалась католической.
Но и протестанты тоже были расколоты. В 1614 г. возникли споры и распри, когда правители страны перешли в реформатское вероисповедание (кальвинизм). Населению Пруссии было разрешено оставаться в лютеранской форме протестантства. Тем самым это был отход от правила, согласно которому вера властителя должна распространяться и на его подданных (cuius regio, eius religio). В разной мере из этой толерантности извлекали пользу также и переселившиеся сюда позднее неевангелические жители как, например, иудеи, меннониты и старообрядцы-филлипоны из России.
Иллюстрация:
Кёнигсбергский кафедральный собор
Сооруженный в период с 1330 по 1380 гг. собор стоит на острове Кнайпхоф на реке Прегель посреди Кёнигсберга. Начиная с 1525 г. он был главной евангелической церковью. В 1944 г. собор был сильно повреждён при воздушных налётах, но всё же не был снесён из-за находящейся там могилы Иммануила Канта. После 1990 г. он был восстановлен и открылся в 1998 г. В нём находятся экспозиции о Канте и городской истории, но он также используется и для концертов и богослужений.