Когда в ходе Второй мировой войны появилась угроза захвата провинции, краевой шталмейстер распорядился доставить лошадей главного конного завода в безопасное место. Сначала на запад были вывезены молодые жеребцы. В октябре 1944 г. оставшихся 668 животных из Тракенена развезли по различным временным убежищам. 290 животных попали в Мекленбург, где они в конце войны достались советской армии. Только 27 из них тайком перевели через границу в Шлезвиг-Гольштейн. Вместе с 58 молодыми жеребцами в нижнесаксонском Золлинге они были единственными лошадьми главного конного завода в западных зонах оккупации.
В январе 1945 г. тысячи лошадей тянули за собой повозки гражданских беженцев. Но лишь немногие пережили бегство и нужду послевоенных лет. Уже вскоре на западе стали регистрировать немногочисленных лошадей тракененской породы и с большими трудностями формировать новый фонд на частных поместьях. До сего дня их разводят без прилития крови других пород за исключением чистокровных лошадей.
Иллюстрация:
Лошади тракененской породы в Рантцау, Шлезвиг-Гольштейн, около 1950 г. В нескольких местах, прежде всего, на северо-западе Германии после 1945 г. пытались объединить вывезенных из Восточной Пруссии лошадей тракененской породы и продолжать их чистопородное разведение. В Рантцау разведением тракененских лошадей занимались вплоть до 1990-х годов. Фотография: архив Эргарда Шульте